AutoFileSync mantiene allineati i file che si trovano in due posti. Un posto può essere una cartella su questo computer, un'unità di rete, un'unità USB o un computer raggiungibile tramite SSH.
Ogni compito viene impostato come sincronizzazione: origine, destinazione, che cosa viene confrontato e come vanno trattati i casi particolari. Tutte le sincronizzazioni insieme formano la configurazione, che viene salvata in un file. Vengono eseguite dal programma – una volta sola o in modo continuo – oppure da un servizio in background che usa la stessa configurazione.
Le sincronizzazioni si possono mostrare come Elenco, Albero o Tabella; la scelta si trova nel menu Visualizza. La barra degli strumenti contiene i comandi più usati: modifica, salva, elimina, avvia e arresta; all'estrema destra ci sono la guida e l'ingranaggio per le impostazioni generali. La barra di stato indica che cosa sta succedendo in quel momento.
Chi preferisce chiedere anziché cercare apre con Assistente → Chat… l'assistente: risponde a domande sul programma e sulla propria configurazione, analizza il log e propone nuove sincronizzazioni.
Quando viene ridotto a icona, il programma si sposta nell'area di notifica della barra delle applicazioni e continua a lavorare lì.