AutoFileSync підтримує файли у двох місцях в однаковому стані. Місцем може бути папка на цьому комп'ютері, мережевий диск, USB-накопичувач або комп'ютер, доступний через SSH.
Кожне завдання створюється як синхронізація: джерело, призначення, що порівнюється і як діяти в особливих випадках. Усі синхронізації разом утворюють конфігурацію, яка зберігається у файлі. Вони виконуються або з програми – один раз чи безперервно, – або фоновою службою, що використовує ту саму конфігурацію.
Синхронізації можна показати як Список, Дерево або Таблицю; вибір – у меню Вигляд. Панель інструментів містить найчастіші команди: редагувати, зберегти, видалити, запустити й зупинити; праворуч – довідка та шестерня для загальних параметрів. Рядок стану повідомляє, що відбувається зараз.
Хто воліє запитати, а не шукати, відкриває через Асистент → Чат… асистента: він відповідає на запитання про програму і власну конфігурацію, аналізує журнал і пропонує нові синхронізації.
Після згортання програма переходить в область сповіщень панелі завдань і продовжує там працювати.