Tutte le sincronizzazioni, le connessioni SSH e le impostazioni sono in un unico file in formato JSON. È questo il file che il programma e il servizio in background usano insieme.
| Windows | %APPDATA%\autofilesync\autofilesync.json |
| Linux | $XDG_CONFIG_HOME/autofilesync/autofilesync.json, in mancanza ~/.config/autofilesync/autofilesync.json |
| macOS | ~/Library/Application Support/autofilesync/autofilesync.json |
Per ogni sincronizzazione nome, tipo, origine, destinazione, carattere jolly, esclusioni, le opzioni e la pausa; inoltre le connessioni SSH e le impostazioni generali. Le password delle connessioni SSH e del server di posta in uscita sono salvate cifrate, non in chiaro.
Il file è in UTF-8 e in caso di necessità si può guardare con un editor di testo. Una chiave che una versione precedente del programma non conosceva manca semplicemente nei file vecchi – AutoFileSync usa allora il valore predefinito documentato e carica comunque il file. Nemmeno una singola voce danneggiata fa perdere l'intera configurazione; viene saltata.
Un esempio è la chiave warnIfUnreachable tra le opzioni di una sincronizzazione (syncflags). Contiene l'opzione Avvisa se manca l'unità o la connessione SSH: true significa che un'unità mancante viene segnalata come avviso, false che viene solo annotata nel registro. Se la chiave manca perché il file proviene da una versione precedente, vale true. Le altre opzioni stanno sotto le proprie chiavi accanto e, se mancano nei file vecchi, valgono false. Cosa fa l'opzione è descritto in Unità e connessioni non raggiungibili.
Durante la scrittura il file esistente non viene distrutto se il salvataggio non riesce – nel dubbio resta lo stato precedente.