AutoFileSync utrzymuje pliki w dwóch miejscach w tym samym stanie. Miejscem może być folder na tym komputerze, dysk sieciowy, dysk USB albo komputer dostępny przez SSH.
Każde zadanie zakłada się jako synchronizację: źródło, cel, co jest porównywane i jak postępować w przypadkach szczególnych. Wszystkie synchronizacje razem tworzą konfigurację, która jest zapisywana w pliku. Uruchamia się je albo w programie – jednorazowo lub w sposób ciągły – albo w usłudze w tle, która korzysta z tej samej konfiguracji.
Synchronizacje można wyświetlić jako Listę, Drzewo albo Tabelę; wybór znajduje się w menu Widok. Pasek narzędzi zawiera najczęstsze polecenia: edycję, zapis, usuwanie, uruchamianie i zatrzymywanie; na samym końcu po prawej są pomoc i koło zębate ustawień ogólnych. Pasek stanu informuje, co się w danej chwili dzieje.
Kto woli pytać niż szukać, otwiera przez Asystent → Czat… asystenta: odpowiada on na pytania o program i własną konfigurację, analizuje dziennik i proponuje nowe synchronizacje.
Po zminimalizowaniu program chowa się do obszaru powiadomień paska zadań i tam pracuje dalej.