Źródło lub cel mogą leżeć na innym komputerze dostępnym przez SSH – na przykład na serwerze NAS, serwerze albo małym komputerze w sieci domowej. Możliwe są też obie strony jednocześnie.
Plik → Nowe połączenie SSH… albo Edycja → Połączenia SSH… otwiera zarządzanie połączeniami. Połączenie składa się z:
| Nazwa | Dowolna. Pod tą nazwą połączenie jest później podawane w ścieżkach. |
| Host | Nazwa komputera lub adres IP. |
| Użytkownik | Konto na komputerze zdalnym. |
| Hasło | Zapisywane w konfiguracji w postaci zaszyfrowanej, nie jawnym tekstem. |
W przeglądzie można zakładać, edytować, zmieniać nazwy i usuwać połączenia. Gdy zmienisz nazwę połączenia, korzystające z niego synchronizacje zostaną automatycznie dostosowane.
Ścieżka zdalna składa się z nazwy połączenia, dwukropka i ścieżki na komputerze zdalnym:
nas:/home/anna/dokumenty
W oknie synchronizacji przycisk SSH obok źródła i celu prowadzi najpierw do wyboru połączenia, a potem do okna, które przegląda foldery na komputerze zdalnym – z rozmiarem i datą modyfikacji, tak że właściwe miejsce można znaleźć bez wpisywania.
Zanim synchronizacja ze stroną zdalną w ogóle się rozpocznie, AutoFileSync upewnia się, że druga strona jest dostępna: nawiązuje połączenie, sprawdza klucz serwera i się loguje. To samo, co dla ścieżki lokalnej odpowiada na pytanie „czy dysk jest podłączony?”. Jeśli któryś z tych kroków się nie powiedzie, synchronizacja zostaje pominięta w tym przebiegu – nic nie jest kopiowane ani usuwane.
Dla źródła i celu obowiązują przy tym różne zasady:
Wynik jest zapamiętywany, aby nie każdy przebieg nawiązywał nowe połączenie. Osiągalna druga strona jest ponownie sprawdzana najwyżej raz na godzinę, nieosiągalna najwyżej co pięć minut. Po awarii może więc minąć kilka minut, zanim synchronizacja sama ruszy ponownie.