Усі синхронізації, з'єднання SSH і параметри зберігаються в одному файлі у форматі JSON. Саме його спільно використовують програма і фонова служба.
| Windows | %APPDATA%\autofilesync\autofilesync.json |
| Linux | $XDG_CONFIG_HOME/autofilesync/autofilesync.json, інакше ~/.config/autofilesync/autofilesync.json |
| macOS | ~/Library/Application Support/autofilesync/autofilesync.json |
Для кожної синхронізації – назву, тип, джерело, призначення, шаблон, винятки, параметри й паузу; крім того, з'єднання SSH і загальні параметри. Паролі з'єднань SSH і сервера вихідної пошти зберігаються зашифрованими, а не відкритим текстом.
Файл має кодування UTF-8, і в разі потреби його можна переглянути текстовим редактором. Ключа, якого старіша версія програми ще не знала, у старих файлах просто немає – тоді AutoFileSync використовує задокументоване значення за замовчуванням і все одно завантажує файл. Окремий пошкоджений запис також не призводить до втрати всієї конфігурації; його буде пропущено.
Приклад – ключ warnIfUnreachable серед параметрів синхронізації (syncflags). Він відповідає опції Попереджати, якщо немає диска або з'єднання SSH: true означає, що відсутній диск повідомляється як попередження, false – що він лише занотовується в журналі. Якщо ключа немає, бо файл походить зі старішої версії, діє true. Інші параметри мають поруч власні ключі і, коли їх немає в старих файлах, набувають значення false. Що робить опція, описано в розділі Недоступні диски та з'єднання.
Якщо збереження не вдається, наявний файл не руйнується – у разі сумніву залишається старий стан.