Origine o destinazione possono trovarsi su un altro computer raggiungibile tramite SSH – per esempio un NAS, un server o un piccolo computer nella rete di casa. Sono possibili anche entrambi i lati contemporaneamente.
File → Nuova connessione SSH… oppure Modifica → Connessioni SSH… apre la gestione. Una connessione è composta da:
| Nome | Liberamente scelto. Con questo nome la connessione viene poi indicata nei percorsi. |
| Host | Nome del computer o indirizzo IP. |
| Utente | Account sul computer remoto. |
| Password | Viene salvata cifrata nella configurazione, non in chiaro. |
Nell'elenco le connessioni si possono creare, modificare, rinominare ed eliminare. Se una connessione viene rinominata, le sincronizzazioni che la usano si adeguano automaticamente.
Un percorso remoto è composto dal nome della connessione, da due punti e dal percorso sul computer remoto:
nas:/home/anna/documenti
Nella finestra di una sincronizzazione, il pulsante SSH accanto a origine e destinazione porta prima alla scelta della connessione e poi a una finestra che sfoglia le cartelle del computer remoto – con dimensione e data di modifica, così il posto giusto si trova senza digitare.
Prima che una sincronizzazione con un lato remoto inizi, AutoFileSync si assicura che l'altro capo ci sia: si connette, controlla la chiave del server ed effettua l'accesso. È la stessa domanda che per un percorso locale significa «l'unità è collegata?». Se uno di questi passaggi non riesce, la sincronizzazione viene saltata per questa esecuzione – non si copia né si elimina nulla.
Per origine e destinazione valgono criteri diversi:
Il risultato viene memorizzato, così non ogni esecuzione apre una nuova connessione. Un lato remoto raggiungibile viene ricontrollato al massimo una volta all'ora, uno non raggiungibile al massimo ogni cinque minuti. Dopo un guasto possono quindi passare alcuni minuti prima che la sincronizzazione riparta da sola.