Джерело або призначення може бути на іншому комп'ютері, доступному через SSH – наприклад, на NAS, сервері або невеликому комп'ютері в домашній мережі. Можливі й обидві сторони одночасно.
Файл → Нове з'єднання SSH… або Редагування → З'єднання SSH… відкриває керування з'єднаннями. З'єднання складається з:
| Назва | Довільна. Під цією назвою з'єднання згодом згадується у шляхах. |
| Хост | Ім'я комп'ютера або IP-адреса. |
| Користувач | Обліковий запис на віддаленому комп'ютері. |
| Пароль | Зберігається в конфігурації в зашифрованому вигляді, а не відкритим текстом. |
В огляді з'єднання можна створювати, редагувати, перейменовувати та видаляти. Якщо з'єднання перейменувати, синхронізації, які його використовують, автоматично отримують нову назву.
Віддалений шлях складається з назви з'єднання, двокрапки і шляху на віддаленому комп'ютері:
nas:/home/anna/документи
У діалозі синхронізації кнопка SSH поруч із джерелом і призначенням спершу веде до вибору з'єднання, а потім до діалогу, що переглядає папки на віддаленому комп'ютері – з розміром і датою зміни, тож потрібне місце можна знайти без введення тексту.
Перш ніж синхронізація з віддаленою стороною взагалі почнеться, AutoFileSync переконується, що протилежна сторона на місці: встановлює з'єднання, перевіряє ключ сервера і входить. Це те саме, що для локального шляху відповідає на питання «чи під'єднано диск?». Якщо один із цих кроків не вдається, синхронізація для цього запуску пропускається – нічого не копіюється і не видаляється.
Для джерела і призначення діють різні вимоги:
Результат кешується, щоб не кожен запуск встановлював нове з'єднання. Доступна віддалена сторона перевіряється знову не частіше ніж раз на годину, недоступна – не частіше ніж раз на п'ять хвилин. Тож після збою може минути кілька хвилин, поки синхронізація знову запуститься сама.